故事接着第一季的结尾，奥村燐在正十字骑士团内部逐渐获得信任，与搭档基路伯一起执行着驱魔任务。然而，来自远古的恐怖威胁开始蠢蠢欲动。一种被称为“不净王”的强力恶魔力量出现在古都京都，其目标似乎是与燐有着深刻羁绊的弟弟奥村雪男。雪男身为人类却天生拥有魔神之子的血液，这份特殊体质使他被卷入一场关乎生死与世界存亡的阴谋之中。

　　为了保护弟弟并彻底铲除不净王，燐与雪男、志摩廉次郎、三轮子猫等伙伴一同奔赴京都。在这座古城里，他们结识了与雪男有着相似命运、却对自身力量充满恐惧的少年山际智之。随着调查的深入，一个围绕“净水晶”展开的古老预言和禁忌仪式逐渐浮出水面。不净王的力量与净水晶紧密相连，而雪男似乎成了这场仪式的关键所在。

　　这一篇章深刻地探讨了兄弟之间的羁绊与牺牲。燐为了守护雪男不惜一切代价，而雪男也从被动受保护的角色，逐渐觉醒并努力掌握自己体内那份既属于恶魔又属于人类的力量。同时，新加入的山际智之的故事线，也为剧情增添了更多关于自我认同与生存价值的思考。动画在延续热血驱魔战斗的同时，通过京都古风的场景与更为复杂的势力纠葛，将故事的格局与情感张力推向了新的高度。